آموزش آنالیز داده های RNA-seq برای سنجش بیان ژن و توالی یابی با R

آموزش آنالیز داده های RNA-seq با R

در این بخش دانلود رایگان فیلم آموزش آنالیز داده های RNA-seq برای سنجش بیان ژن و توالی یابی با R را آماده کرده ایم که توسط دکتر آرش پورشیخانی متخصص ژنتیک پزشکی در ۷ ساعت به زبان فارسی تهیه شده است. در ادامه توضیحاتی از معرفی داده ها و کاربرد های آن ارائه شده و لینک دانلود رایگان آموزش قرار داده شده است.

آنالیز داده های RNA-seq

آنالیز داده های RNA-seq فرآیندی است که طی آن داده های توالی یابی RNA برای درک بیان ژن در یک نمونه استفاده می شود. داده های RNA-seq داده هایی هستند که از طریق توالی یابی RNA تولید می شوند. RNA-seq یک تکنیک توالی یابی نسل بعدی است که برای تعیین توالی RNA از یک نمونه مورد استفاده قرار می گیرد.

داده های RNA-seq معمولاً به صورت “خواندن” ارائه می شوند. هر داده خواندنی یک قطعه از توالی RNA است که از یک نمونه توالی یابی شده است. طول داده خواندن ها می تواند از چند نوکلئوتید تا چند صد نوکلئوتید متغیر باشد. داده های RNA-seq می تواند به صورت خام یا پردازش شده ارائه شود. داده های خام شامل خواندن های بدون پردازش است. همچنین داده های پردازش شده شامل خواندن هایی است که با استفاده از ابزارهای نرم افزاری برای بهبود کیفیت یا تجزیه و تحلیل داده ها آماده شده اند. داده های RNA-seq می تواند با استفاده از طیف گسترده ای از ابزارها و نرم افزارها تجزیه و تحلیل شود. برخی از ابزارهای محبوب عبارتند از:

• نرم افزار و زبان R برای تحلیل های مختلف روی داده ها
• STAR برای هم ردیف کردن خواندن ها با توالی مرجع
• Cufflinks برای اندازه گیری بیان ژن
• DESeq2 برای تجزیه و تحلیل بیان ژن دیفرانسیل

تجزیه و تحلیل داده های RNA-seq می تواند برای شناسایی الگوهای بیان ژن استفاده شود. این می تواند شامل تجزیه و تحلیل بیان ژن در بین نمونه ها، در طول زمان یا در پاسخ به عوامل مختلف باشد. داده های RNA-seq یک منبع ارزشمند برای درک بیان ژن هستند. این داده ها می تواند برای پاسخگویی به طیف گسترده ای از سوالات زیستی استفاده شود و به دانشمندان کمک می کند تا مکانیسم های اساسی زیست شناسی را درک کنند.

کاربرد داده های RNA-seq

مطالعه بیان ژن در بیماری ها: داده های RNA-seq می تواند برای شناسایی ژن هایی که در بیماری ها بیان متفاوتی دارند استفاده شود. این می تواند به دانشمندان کمک کند تا مکانیسم های بیماری را درک و هدف های درمانی جدیدی را شناسایی نمایند.

مطالعه بیان ژن در رشد و توسعه: داده های RNA-seq می تواند برای شناسایی ژن هایی که در طول رشد و توسعه بیان متفاوتی دارند استفاده شود. این امر می تواند به دانشمندان کمک کند تا درک صحیحی از نحوه رشد و توسعه بدن داشته باشند.

مطالعه بیان ژن در پاسخ به عوامل زیستی: داده های RNA-seq می تواند برای شناسایی ژن هایی که در پاسخ به عوامل زیستی، مانند داروها یا شرایط محیطی، بیان متفاوتی دارند، مورد استفاده قرار بگیرند که به دانشمندان کمک می کند تا درک و فهم عمیق از نحوه پاسخ بدن به این عوامل داشته باشند.

مزایای استفاده از داده های RNA-seq

حساسیت بالا: RNA-seq می تواند برای شناسایی حتی بیان ژن های کم استفاده شود.

سرعت بالا: RNA-seq می تواند برای توالی یابی مقادیر زیادی از RNA استفاده شود.

متنوع بودن: RNA-seq می تواند برای توالی یابی انواع مختلف RNA، از جمله mRNA، rRNA و tRNA استفاده شود.

محدودیت های استفاده از داده های RNA-seq

هزینه بالا: RNA-seq می تواند یک روش نسبتاً گران قیمتی باشد.

نیاز به مهارت: تجزیه و تحلیل داده های RNA-seq نیاز به مهارت و تجربه در زیست شناسی محاسباتی دارد.

با وجود محدودیت ها، داده های RNA-seq یک ابزار قدرتمند برای درک بیان ژن هستند. این داده ها می تواند برای پاسخگویی به طیف گسترده ای از سوالات زیستی استفاده شود و به دانشمندان کمک می کند تا مکانیسم های اساسی زیست شناسی را درک نمایند. داده های RNA-seq می تواند برای پاسخگویی به طیف گسترده ای از سوالات زیستی استفاده شود، از جمله:

• کدام ژن ها در یک سلول یا بافت خاص بیان می شوند؟
• بیان ژن ها چگونه با عوامل مختلف، مانند شرایط محیطی یا داروها، تغییر می کند؟
• چگونه بیان ژن ها در طی رشد و توسعه تغییر می کند؟

فهرست مطالب آموزش

1. معرفی دوره و اهداف پیش رو
2. آموزش پایه ای برنامه نویسی R
3. آنالیز های پایه و گرافینگ در R
4. بررسی مفاهیم مولکولی و RNA-seq
5. آنالیز نمونه داده RNA-seq
6. فراخوانی داده از پایگاه داده TCGA و آنالیز Mir-seq سرطان

پیش نیازها

• به همراه داشتن لپ تاپ
• دانش پایه به زیست شناسی و ژنتیک
• آشنایی با مفاهیم توالی یابی